تعرب المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، ومؤسسة حرية الفكر والتعبير عن انزعاجهما الشديد من صدور القرار الجمهوري بقانون رقم 161 لسنة 2012 بإنشاء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا "مشروع مصر القومي للنهضة العلمية" إذ أن هذا القرار يأتي كمحاولة حكومية لتقنين أوضاع جامعة زويل، وتقوية مركزها القانوني في توقيت غريب يطرح تساؤلات عدة، كما أنه يثير مخاوف كثيرة على حقوق طلاب جامعة النيل، والذين عانوا وما زالوا يعانون من غموض موقفهم القانوني، وما زالوا عرضة لانتهاك حقهم الأصيل في التعليم نتيجة تخبط القرارات الحكومية في السنتين الماضيتين.

وتجب الإشارة هنا إلى أنه على الرغم من إصدار الحكومة لهذا القانون الذي يضفي شرعية على جامعة زويل، إلا أنها من ناحية أخرى تواصل سعيها نحو هدم سيادة القانون، بتجاهلها أو إعراضها عن تنفيذ الأحكام القضائية واجبة النفاذ. فمحكمة القضاء الإداري كانت قد أصدرت حكما في الدعويين رقمي 32349 و55780 لسنة 66 القضائية، بجلسة 18 /11 /2012 قضت فيه بأحقية الطلاب في استعمال المبنى اللازم لاستكمال العملية التعليمية والمقام بالأرض التي تم سحبها من جامعة النيل عن طريق الدولة وإعطائها لمدينة زويل، وذلك حتى يتم توفيق أوضاع جامعة النيل.، وبالرغم من إنهاء كافة الإجراءات القانونية اللازمة لتنفيذ هذا الحكم إلا أن الحكومة لم تستجب، بالتصريح أو التهديد تارة، و بالتلميح أو الإهمال تارة أخرى.

كما يأتي هذا القانون في وقت بالغ الحساسية حيث لا يزال النزاع القضائي بين جامعة النيل ومدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا منظوراً أمام المحكمة الإدارية العليا التي نظرت يوم الثلاثاء الموافق 18 /12 /2012 أولى جلسات الطعن المقام من زويل على الحكم "واجب النفاذ" الصادر لصالح طلبة جامعة النيل، وأعرضت عن طلب وقف تنفيذ هذا الحكم، فضلاً عن أنه بالجلسة التالية التي عُقدت أمس الأربعاء الموافق 26 /12 /2012، تم إيداع تقرير هيئة مفوضي المحكمة الإدارية العليا والذي أوصى برفض طعن زويل وتأييد الحكم، وتم تأجيلها لجلسة 1 /1 /2013 حتى يتمكن أطراف الخصومة جميعاً من التعقيب على نتيجة تقرير هيئة المفوضين. وأضافت المؤسستان أنه من الأولى أن تقوم الحكومة بتسوية أزمة جامعة قائمة بالفعل منذ عام 2006،  بدلاً من الذهاب لتأسيس جامعة جديدة تنافس الأولى على مقراتها وتهدد مستقبل طلابها، وذلك حرصاً على استقرار الوضع القانوني لطلابها وحماية مستقبلهم العلمي ودفاعاً عن حقهم في التعليم، جنباً إلى جنب مع أعضاء هيئة التدريس بتلك الجامعة. وبالرغم من طرقهم أبواب كافة الجهات الحكومية ذات الصلة بحل مشكلات الجامعة من قبل القائمين على إدارة جامعة النيل، وأعضاء هيئة تدريسها، وطلابها جميعاً مع بداية الأزمة، وكذا أثناء تداول الدعاوى القضائية، وأيضاً بعد صدور الحكم، إلا أن الحكومة ظلت تماطل وتسوف تحت عناوين مفادها انتظار ما سيسفر عنه حكم القضاء، وبعد هذا أصبح العنوان دراسة حكم القضاء.

وإذ تعرب المبادرة المصرية للحقوق الشخصية ومؤسسة حرية الفكر والتعبير عن بالغ قلقهما إزاء النهج الذي تسير عليه الحكومة من عدم النهوض بواجبها الدستوري في تنفيذ أحكام القضاء، واحترام سيادة القانون الذي هو أساس الحكم في الدول الديمقراطية، فإنهما تحذران من أن الاستمرار في هذه السياسة سيؤدي إلى عواقب وخيمة أهمها فقدان الثقة العامة في جميع مؤسسات الدولة وسلطاتها. وتناشد المؤسستان الحكومة بالإسراع في تنفيذ الحكم الصادر لصالح طلاب جامعة النيل، وكذا بحث وعلاج مشكلات جامعة النيل بالشكل الذي يسمح لتلك المؤسسة التعليمية بالاستمرار في أداء رسالتها التعليمية والعلمية، ويأتي على رأس هذه الحلول إسراع الحكومة بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية وفقاً للقانون رقم 12 لسنة 2009 بشأن إصدار قانون الجامعات الخاصة والأهلية. فمصلحة الطلاب هي أولى بالرعاية من أية مصلحة أخرى، وبالتالي لا يجوز تحميل الطلاب آثار تصرفات قانونية خاطئة للدولة بجميع أجهزتها.