رفضت المبادرة المصرية للحقوق الشخصية الصياغة المقترحة للمادة الثانية من الدستور والتي أعلنت مصادر في اللجنة التأسيسية الاتفاق على أن يصبح نصها كالتالي:

"الإسلام دين الدولة واللغة العربية لغتها الرسمية ومبادئ الشريعة الإسلامية المصدر الرئيسي للتشريع والأزهر الشريف هو المرجعية النهائية لتفسيرها، ولأتباع المسيحية واليهودية الحق في الاحتكام لشرائعهم الخاصة في أحوالهم الشخصية وممارسة شئونهم الدينية واختيار قياداتهم الروحية".

وقال عمرو عزت مسئول حرية الدين والمعتقد في المبادرة المصرية: "إن جعل  تفسير الأزهر لمبادئ الشريعة الإسلامية ملزما لمجلس الشعب يشكل تعديا على سلطة الشعب في إنفاذ القوانين، وهي السلطة التي يمارسها الشعب عبر هيئات منتخبة من عمومه لها أن تستشير من ترى، بينما الأزهر وهيئاته غير منتخبين من عموم الشعب".

وأضاف عزت: "ويعد ذلك إقحاما للأزهر في شؤون الدولة يجعله ملعبا للصراع بين القوى السياسية المختلفة، الأمر الذي يؤثر على استقلاله خصوصا تحت القانون الحالي لتنظيم الأزهر، الذي يسمح لرئيس الجمهورية بالتدخل في تعيين قياداته وهيئاته وخاصة هيئة كبار العلماء التي لها سلطة البت في شؤون الدين نيابة عن الأزهر”.

ظل الأزهر عبر تاريخه الطويل الجامعة الإسلامية العالمية الطابع والتي رحبت بوجود غير المصريين فيها. إن وجود غير المصريين في مجمع البحوث الإسلامية وهيئة كبار العلماء—ومنصب شيخ الأزهر قبل التعديل الأخير للقانون—مع جعل رأي الأزهر ملزما لمجلس الشعب، يسمح بموقف يصبح فيه لعدد من غير المصريين القدرة على التأثير في شؤون المصريين وحياتهم بما لا يستطيعه المصريون أنفسهم. وتنحاز المبادرة المصرية لاستكمال الأزهر مسيرته كجامعة إسلامية عالمية بدلا من قصر هيئاته على المصريين مقابل ممارسة الأزهر أدوارا لها علاقة بشئون الدولة المصرية.

وترى المبادرة المصرية في النص على الديانتين "المسيحية واليهودية" فقط فيما يخص حق أتباع الديانات الأخرى في الاحتكام لشرائعهم تمييزا ضد أفراد آخرين ممن لا يعتنقون أيا من الديانات الثلاث المذكورة. وتؤكد على ضرورة أن تراعي النصوص الدستورية الحق في الاعتقاد مشتملا حق ممارسة الشعائر على قدم المساواة بين الجميع مهما كان دينهم دون تمييز.

كان قد سبق أن حذرت المبادرة المصرية في دراسة سابقة من أن إعطاء الأزهر سلطة تفسيرية نهائية يضر باستقلاله وبدوره الأساسي كمؤسسة دعوية وتعليمية وثقافية بداخلها تنوع وتيارات ومذاهب ومدارس فكرية متعددة. فالسلطة التنفيذية ممثلة في رئيس الجمهورية والتيارات السياسية في  مجلس الشعب يمكنها عبر قانون تنظيم الأزهر التدخل للتأثير على طريقة تشكيل الهيئات القيادية بالأزهر التي ستعبر عن رأيه وتفسيره. وهو ما حدث في تمرير تعديلات قانون الأزهر الحالي بمرسوم بقانون أصدره المجلس العسكري قبل انعقاد  مجلس الشعب محاولا تمرير رؤيته لاختيار الهيئات القيادية العليا في الأزهر وقطع الطريق على مشروعات قوانين تقدمها القوى السياسية الأخرى في  مجلس الشعب ربما تتضمن رؤى مختلفة.

وتؤكد المبادرة المصرية على أن استقلال الأزهر الحقيقي يقتضي كونه بعيدا عن تدخل سلطات الدولة جميعا في اختيار هيئات الأزهر بشكل يحرم عموم علمائه وأبنائه من ذلك، وبعيدا عن قيام الأزهر بدور مشارك في السلطة كمرجعية ملزمة.