في الوقت الذي فشلت فيه أجهزة الأمن في التنبؤ باعتداءات نجع حمادي، وفي التصدي للمهاجمين أثناء تنفيذها، وفي حماية منازل وممتلكات الأقباط من النهب والإحراق والتدمير، فإنها عوضت هذا الفشل بانتهاج النمط المعهود من الانتهاكات التي دأبت على ارتكابها في أعقاب أحداث العنف الطائفي: الاعتقالات العشوائية الفردية والجماعية من الطرفين، واستعمال قانون الطوارئ، والتعذيب وإساءة معاملة المحتجزين، وتقييد حرية ممثلي الإعلام ونشطاء المجتمع المدني.